Mabonde ya baadhi ya mito mikubwa inayoingia ziwani, kama vile Mto Malagarasi na Mto Ruzisi, yana ardhi ya kilimo yenye rutuba nyingi.Kilimo na ukataji misitu husababisha mmomonyoko wa kawaida wa udongo wa juu ambao hupelekwa ziwani. Huko udongo huo huchanganyikana na mbolea za chumvi chumvi na dawa za kuulia wadudu zilizotitirishwa kutoka kwenye maeneo ya vyanzo vya maji ya ziwa. Mmomonyoko wa kawaida umekuwa ukifanyika tangu ziwa lilipotokea, lakini ongezeko la mahitaji ya chakula limeongeza sana kasi ya mmomonyoko katika miaka ya hivi karibuni. Ukuaji wa miji ni jambo jipya zaidi ambalo limeleta madhara ya aina mpya: maji uchafu, takataka za kutoka majumbani na viwandani huingia katika mikondo ya maji na hatimaye hutiririkia ziwani.

Hatimaye, mikondo ya maji inayosukumwa na upepo hueneza polepole takataka hizi zisizohitajika katika ziwa zima. Kile kinachoanza kama tatizo la eneo fulani pekee hatimaye kinaweza kuathiri maji ya ziwa ya nchi zote zinazozunguka Ziwa Tanganyika.