تم عقد الإجتماع الثاني عشر للمجلس الوزاري للهيئة في الخامس من مارس 2009 وذلك في قصر كامبينسكي في عاصمة جمهورية جيبوتي. وقد سبق إجتماع المجلس الوزاري جلسة تشاورية للجنة التحضيرية في الثالث والرابع من مارس، وقد حضر الاجتماع حضرات الساده أصحاب السمو والمعالي وزراء البيئة وموفدين رسميين عن دول الإقليم.

كما سبق الاجتماع الوزاري حفل افتتاح رسمي كبير بحضور سيادة رئيس جمهورية دولة جيبوتي السيد إسماعيل عمر جيليه وصاحب السمو الملكي الأمير تركي بن ناصر بن عبد العزيز رئيس الرئاسة العامة للأرصاد وحماية البيئة بالمملكة العربية السعودية.