Государственные природные заповедники. Сегодня биологическое и ландшафтное разнообразие Азербайджана сохраняется в значительной степени благодаря существованию системы заповедников – охраняемых природных резерватов. Они относятся к категории I по классификации МСОП. Заповедники являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями. На территории заповедника запрещается любая деятельность, противоречащая задачам и режиму особой охраны его территории. В республике имеется 14 заповедников общей площадью 191200 га, что составляет 2,2% территории страны.

Заповедник "Гызыл-Агач" расположен на юго-западном побережье Каспийского моря в районе Гызыл-Агачского залива. Он имеет площадь 88,4 тыс. га, в том числе 62 тыс. га водной акватории. Территория заповедника охватывает акваторию Большого Гызыл-Агачского залива, северную часть малого Гызыл-Агачского залива, а также участки суши, прилегающие к этим водоемам. В результате поднятия Каспия площадь суши заповедника уменьшилась в два раза.

Заповедник создан в 1929 г. для охраны и воспроизводства зимующих и перелетных водоплавающих, болотных и степных птиц. Основными охраняемыми объектами являются водные, околоводные и полупустынные природные комплексы, являющиеся местом массовой зимовки краснокнижных видов птиц. В заповеднике встречаются 248 видов птиц и 54 вида рыб.

До распада СССР заповедник был включен в список водно-болотных угодий международного значения Рамсарской Конвенции.

Заповедник "Ширван" создан в 1969 г. с целью охраны и воспроизводства джейранов, водоплавающих птиц, а также характерных растительных комплексов Ширванской низменности. Площадь заповедника 25 760 га, из них 4 500 га занимают водоемы. Основными охраняемыми объектами являются природные комплексы полупустынь Юго-Восточной Ширвани, где обитает крупнейшая популяция джейрана, и водно-болотные экосистемы (западная часть оз. Шор-Гель).

В связи с оккупацией части территории республики, в настоящее время на территории заповедника расположены скотоводческие хозяйства беженцев. Это привело к сокращению ареала и кормовой базы джейрана и создало угрозу распространения заболеваний, характерных для домашнего скота. На территории заповедника осуществляется нефтеразведка и нефтедобыча. При этом допускаюся загрязнения заповедной зоны нефтепродуктами.

Заповедник "Гиркан" создан в 1969 г. на плорщади 20906 га с целью охраны ландшафтов субтропиков, экосистем реликтовых лесов гирканского типа. Заповедник расположен в лесном поясе Талышских гор и Лянкяранской низменности. Он состоит из двух участков, удаленных примерно на 8 км. Основная горная часть заповедника занимает площадь 2 815 га и охватывает склоны хр. Улясы до высоты 980 м. Низменная часть включает территорию 90 га. Основными охраняемыми объектами являются природные комплексы низменного и низкогорного лесного поясов Талышской природной области. Флора заповедника содержит 1900 видов, из них 162 эндемика, 95 редких и 38 исчезающих видов. Много эндемичных и реликтовых видов фауны, особенно среди наземных моллюсков и насекомых.

Государственные природные заказники. Заказниками являются территории, имеющие особое значение для сохранения или восстановления природных комплексов или их компонентов и поддержания экологического баланса. На территории заказников и их отдельных участков постоянно или временно может запрещаться или ограничиваться любая деятельность, если она противоречит целям создания природных заказников или причиняет вред природным комплексам и их компонентам.

В республике функционирует 20 заказников общей площадью более 260 тыс. га.

Заказник "Малый Гызыл-Агач" организован в 1978 г. (10 700 га) на малом Кызыл-Агачском заливе для охраны и восстановления численности зимующих, пролетных водно-болотных и околоводных птиц, в том числе редких и исчезающих. Он непосредственно граничит с заповедником "Гызыл-Агач".

Заказник "Гусар" организован в 1961 г. (15 000 га) в Гусарском районе с целью охраны и восстановления численности охотничье-промысловых видов фауны и их местообитаний.

Заказник "Бяндован" организован в 1961 г. (30 000 га) на территории Сальянского и Карадагского районов с целью охраны и восстановления численности джейрана, водоплавающих птиц и стрепета. Заказник граничит с Ширванским государственным заповедником.

Заказник "Остров Глиняный" организован в 1964 г. (150 га) на одноименном острове Каспийского моря, вблизи Апшеронского полуострова, с целью охраны пролетных и зимующих водоплавающих птиц, колоний чайковых видов и лежбищ каспийского тюленя.

Заказник "Апшерон" организован в 1969 г. (800 га) с целью охраны и восстановления численности пролетных и зимующих птиц, лежбищ каспийского тюленя в прибрежной зоне Каспия.

Согласно "генеральной схемы развития особо охраняемых природных территорий Азербайджана на период до 2010 года" и "Национального плана действий по охране окружающей среды Азербайджана", утвержденных Правительством, в качестве приоритета принято создание первого в республике национального парка "Шах-Даг", "Талыш" и "Гобустан". Но проведение работ по созданию территорий природно-заповедного фонда затруднено в виду экономического положения страны. Выделяемые Правительством финансовые средства недостаточны для организации новых ООПТ. Создание национальных парков "Шах-Даг", "Талыш" и "Гобустан" позволит, в целом, расширить площадь охраняемых территорий высокого статуса. Реализация проекта станет вкладом Азербайджана в осуществлении практических шагов по выполнению положений КБР, Пан-Европейской стратегии в области биологического и ландшафтного разнообразия и строительства ПЭС.

В республике планируется организация нижеследующих национальных парков:

Национальный парк "Гобустан" площадью 178,7 тыс. га с Газлучайским филиалом на площади 42,3 тыс. га на территории Гобустанского, Апшеронского и Хызынского районов.

Национальный парк "Шах-Даг", площадью 268 тыс. га на территории Гусарского, Кубинского, Дивичинского, Шемахинского и Хачмаского районов, с филиалом морского заповедника.

Национальный парк "Талыш", площадью 49,2 тыс. га организуется на территории Лерикского, Астаринского, Ленкоранского и Массалинскогорайонов, охватывающий территорию от прибрежной зоны до высокогорья