La Secretaría General es dirigida por el Secretario General, quien es elegido por la Asamblea General a través de votaciones. Actúa como representante legal de la Organización y participa en todas las reuniones de la organización con voz pero sin voto.

El Secretario General tiene la autoridad de llevar ante la Asamblea General  y al Consejo Permanente cualquier asunto que, a su juicio, pueda afectar la paz y seguridad del Hemisferio o el desarrollo de los Estados Miembros.

Dentro de las responsabilidades del Secretario General esta la misión de establecer las oficinas que considere necesarias dentro de la Secretaria General. Al mismo tiempo debe designar el número de funcionarios y regular sus deberes y funciones, así como establecer su remuneración.

El Secretario General Adjunto es el Secretario del Consejo Permanente y de sus órganos subsidiarios, agencias y comités. Actúa como consultor y representante del Secretario General. También reemplaza al Secretario General cuando el mismo debe ausentarse.