La presidencia del Consejo Permanente es ejercida de forma rotativa por los representantes de los Estados Miembros siguiendo el orden alfabético de los nombres de los países en español y la vicepresidencia, en idéntica forma, siguiendo el orden alfabético inverso.  Ejercen sus funciones por un período de tres meses que comienzan automáticamente el primer día de los meses de enero, abril, julio y octubre.

En caso de una ausencia temporal del Presidente, el vicepresidente lo reemplazará.  En caso de la ausencia de ambos el principal representante en orden jerárquico lo presidirá.

Si por cualquier razón el país al cual se le ha cedido la presidencia, carece de un representante principal, el vicepresidente actuará como presidente hasta la llegada del representante principal.

Para el período comprendido entre el 1 de enero al 31 de marzo de 2007, el presidente del Consejo Permanente fue el  Representante Permanente de Uruguay, Embajador Maria de Lujan Flores. Para el mismo período, el vicepresidente del Consejo Permanente fue el representante permanente Saint Kitts and Nevis, Embajador  Izben C. Williams.

Para saber más sobre los anteriores y próximos presidentes del Consejo Permanente se puede visitar la página  Presidentes y Vicepresidentes del Consejo Permanente.