El área continental que abarca el proyecto de la Cuenca del Río San Juan es de 38.500 km2, más la zona marino-costera asociada en el Mar Caribe. El 64% del área terrestre de la CRSJ corresponde a Nicaragua y el 36% a Costa Rica. El área de planificación comprende las subcuencas del Lago Nicaragua y del Río San Juan, a las que por sus vínculos naturales se ha sumado cuatro subcuencas menores, pero de dimensiones significativas, las cuencas de los ríos Indio y Maíz en Nicaragua y Colorado y Tortuguero en Costa Rica.

Las aguas del sistema hídrico del Lago Cocibolca-Río San Juan, antes de hacer su aporte al Mar Caribe sirven y vinculan en su trayecto a por lo menos ocho ecosistemas terrestres principales: i) bosque tropical seco, al este, norte y oeste del Lago Cocibolca; ii) bosque nuboso, en las partes altas de la Cordillera Volcánica Central de Costa Rica; iii) bosque tropical húmedo, al sur y sureste del Lago Cocibolca y en el piedemonte oriental; iv) bosque tropical muy húmedo, en el valle del Río San Juan y en llanuras costeras; v) bosques de galería, a lo largo de las riveras de los ríos; vi) humedales, al sur del Lago Cocibolca y en las confluencias de los ríos Colorado y Tortuguero con el San Juan; vii) bosques secundarios, praderas y tierras agrícolas, en extensas áreas de la cuenca; y viii) bosques marino-costeros y manglares en la franja de costa sobre el Mar Caribe. Las cuencas de los ríos Indio y Maíz están cubiertas fundamentalmente por bosques húmedos y muy húmedos.

Debido a esta variedad de ecosistemas y hábitats asociados, la CRSJ tiene una rica biodiversidad. Su ubicación en el corredor biológico natural que se extiende a lo largo del Istmo Centroamericano la ha convertido en el vínculo entre especies del las regiones Neoártica de Norteamérica con la Neotrópica de Sudamérica. En gran medida, su historia natural es única; la baja densidad demográfica existente en muchas partes de la cuenca la ha mantenido relativamente intacta, aunque no se conoce adecuadamente los impactos que en ella está teniendo el proceso migratorio actual y la ampliación de la frontera agrícola.

Estudios regionales que actualmente realiza el Comité Regional de Recursos Hídricos de Centroamérica (CRRH) con cooperación internacional permiten concluir que los recursos de agua dulce que mantiene la Cuenca del Río San Juan constituyen la única reserva que podría satisfacer para las demandas del desarrollo previsible en la región semiárida del Pacífico, la más poblada del Istmo Centroamericano. Por lo tanto, es muy probable que este sistema sea sujeto de una creciente presión antrópica para la explotación de sus recursos naturales. Además, la depresión de la CRSJ constituye asimismo la vía de paso frecuente de los anticiclones del Atlántico en su desplazamiento hacia el Pacífico, por lo que los peligros de huracanes y tormentas tropicales se suman a la actividad volcánica y fallas geológicas que afectan y hacen particularmente vulnerable la región.

Aunque no ha sido incluido como parte del área del proyecto, el Lago Managua a veces se conecta con la CRSJ, por lo cual su comportamiento y vínculo será tenido en cuenta para la formulación del PEA. Por ejemplo, las lluvias torrenciales asociadas al Huracán Mitch, en octubre de 1998, ocasionaron la elevación del nivel del Lago Managua al punto que inundó las zonas circundantes y se desbordó hacia el Lago Nicaragua. Para evitar estas inundaciones en el futuro, el Gobierno de Nicaragua se propone regular el Lago Managua, lo que hará más frecuente el transvase al Lago Nicaragua. Diversos estudios, particularmente del Banco Interamericano para el Desarrollo (BID) y la cooperación alemana (GTZ), han identificado altos niveles de contaminación en este lago, por lo que la calidad de las aguas del Lago Nicaragua se ve amenazada por los metales pesados, desechos agroquímicos derivados del uso de plaguicidas y fertilizantes, y los efluentes industriales y urbanos. Por esta razón, el proyecto de la CRSJ trabajará en estrecha coordinación con cualquier actividad o iniciativa tendiente a regular el nivel del Lago Managua.

Actualmente, en ambos países faltan capacidades institucionales y técnicas suficientes para disponer de la información necesaria sobre la CRSJ y para implementar políticas eficientes para la planificación y el manejo integrado de cuencas hidrográficas, de manera de poder proteger y recuperar los recursos hídricos y los ecosistemas. La escasez de recursos, la pobre infraestructura de transporte, la falta de atención a la mujer en el manejo de los recursos naturales y la debilidad de las instituciones locales son características comunes a ambos lados de la frontera. Dada esta situación, los gobiernos de Costa Rica y Nicaragua han propuesto un enfoque en conjunto para el mejor manejo de este complejo sistema hidrológico dentro de las limitaciones impuestas por sus condiciones demográficas y geográficas.