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La Estrategia Operacional del FMAM identifica cuatro áreas principales de preocupación con respecto a los cuerpos de agua de interés internacional: i) la pérdida de calidad de los recursos hídricos; ii) el deterioro del hábitat físico de las zonas marinas costeras y cercanas a la costa, los lagos y los cursos de agua; iii) la introducción de especies no autóctonas que crean perturbaciones en los ecosistemas terrestres y acuáticos, y iv) la explotación excesiva y/o inapropiada de los recursos, debido a una planificación y una gestión inadecuadas. Todos estos problemas fueron identificados en la CRSJ durante el Análisis de Diagnóstico Transfronterizo (ADT), el cual fue llevado a cabo con fondos del Bloque B. El análisis fue elaborado con la activa participación de grupos de interesados clave, y se basó en los resultados de un estudio realizado anteriormente por el PNUMA y la OEA, que señala la presencia de una serie de problemas ambientales presentes y emergentes, cuya incidencia combinada cuestiona la sostenibilidad del desarrollo de la CRSJ y, en última instancia, la calidad de vida de su población. Muy frecuentemente, estos problemas ambientales transfronterizos tienen raíces comunes (ver Anexo D) y se manifiestan individualmente y colectivamente. Dado que se encuentran fuertemente interrelacionados, y a fin de buscar soluciones para los mismos, se han agrupado según se indica a continuación:
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